Ο παλαιός Μητροπολιτικός ναός του Αγίου Μηνά στο Ηράκλειο
Ως την οριστική κατάληψη της Κρήτης από τους Οθωμανούς το 1669 η εκκλησία της Κρήτης ήταν ακέφαλη. Οι Βενετοί δεν επέτρεψαν κατά την μακροχρόνια κυριαρχία τους στο νησί (1217-1669) να υπάρχει επίσημη ορθόδοξη ιεραρχία και επίσκοποι που θα καθοδηγούσαν το ποίμνιο. Αυτό το δικαίωμα είχαν κυρίως οι ηγούμενοι των μονών και οι ιερείς τον πόλεων και των χωριών. Στα αστικά και επαρχιακά κέντρα οι Βενετοί διόριζαν προϊστάμενους της ορθόδοξης Εκκλησίας τους Πρωτοπαπάδες, οι οποίοι, αν και είχαν χειροτονηθεί από την ορθόδοξη Εκκλησία, ήταν κατά κανόνα ενωτικοί και φυλοδυτικοί.
Όταν οι Οθωμανοί κατέλαβαν το νησί, επέφεραν σημαντικές αλλαγές στη θρησκευτική ζωή των ορθόδοξων κατοίκων του. Μια από τις πρώτες ενέργειες του ήταν να αποκαταστήσουν την ορθόδοξη ιεραρχία και να ανασυστήσουν τη Μητρόπολη της Κρήτης. Από το 1659 ανασυστήθηκαν σταδιακά οι δώδεκα επισκοπές, οι υποκείμενες στη Μητρόπολη Κρήτης, και άρχισαν να χειροτονούνται οι επίσκοποι τους. Επίσης, από την κρατούσα αρχή παραχωρήθηκαν προνόμια, όπως η ελευθερία της λατρείας, και εκδόθηκαν προστατευτικά διατάγματα για την ελευθερία των θρησκευτικών τελετών και εκδηλώσεων των ορθοδόξων χριστιανών.
Το 1725 ο Γεράσιμος Λετίτζης εκλέχτηκε από το Οικουμενικό Πατριαρχείο Μητροπολίτης Κρήτης (1725-1755). Ο όρος που έθεσε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο ήταν να του χορηγηθεί σουλτανική άδεια ανέγερσης μητροπολιτικού ναού στον Χάνδακα. Το αυτοκρατορικό φιρμάνι, που υπογράφηκε τον ίδιο χρόνο, όριζε ότι η ανοικοδόμηση θα γίνοταν στον περίβολο ιδιοκτήτης βακουφικής κατοικίας που διέθετε ο Μητροπολίτης Γ. Λετίτζης, όπου υπήρχε παλαιότερος εγκαταλελειμμένος ναός. Ο Μητροπολίτης Γ, Λετίτζης επισκεύασε τον παλαιό ναό και χάρισε στους χριστιανούς του Χάνδακα και όλου του νησιού το θρησκευτικό τους κέντρο. Ο ναός αφιερώθηκε στην Υπαπαντή (βόρειο κλίτος)και στον Άγιος Μηνά (νότιο κλίτος).
Στις 24 Ιουνίου 1821 ο ναός έγινε τόπος φρικτού μαρτυρίου. Τόσο στον περίβολο όσο και στο εσωτερικό του σφαγιάστηκαν περί τους 800 Κρητικούς, όπως ο Μητροπολίτης Γεράσιμος Παρδάλης και πολλοί επίσκοποι, κληρικοί, μοναχοί και λαϊκοί. Οι Οθωμανοί είχαν αποφασίσει και δεύτερη σφαγή το Πάσχα του 1826 που αποτράπηκε με θαυματουργική παρέμβαση του προστάτη του Μεγάλου Κάστρου αγίου Μηνά, όπως αναφέρει ο Νίκος Καζαντζάκης στο έργο του (Καπετάν Μιχάλης). Ο ναός γίνεται μητροπολιτικός και ο άγιος Μηνάς πολιούχος του Χάνδακα και όλης της Κρήτης.
Αργότερα, δύο σεισμοί έπληξαν το ναό. Ο πρώτος, το Μάρτιος του 1846 προκάλεσε μεγάλη καταστροφή στο κλίτος της Υπαπαντής. Ισχυρότερος και πιο καταστροφικός υπήρξε ο σεισμός τον Οκτώβριο του 1856 που κατέστησε το ναό ετοιμόρροπο. Η Μητρόπολη της Κρήτης αναγκάστηκε για ένα χρόνο να κλείσει το ναό και προχώρησε σε πλήρη στερέωση και αποκατάσταση του μετά από άδεια που παραχώρησαν οι Οθωμανικές αρχές της πόλης.
Ο ναός έχει συντηρηθεί και ανακαινιστεί από τη 13η Εφορεία Βυζαντινών και Μεταβυζαντινων αρχαιοτήτων και είναι ένα από τα σημαντικότερα μνημεία του Ηρακλείου.
Πιθανόν από τον ναό που υπήρχε πριν το 1725 προέρχεται ένα γοτθικό παράθυρο στο βόρειο κλίτος. Αρχιτεκτονικά, ο ναός διαφέρει ελάχιστα από εκείνον της οθωμανικής περιόδου. Είναι δίκλιτος καμαροσκεπής με κωδωνοστάσιο πάνω από τη θύρα του κλίτους της Υπαπαντής.
Το βραχύτερο νότιο κλίτος του Αγίου Μηνά επιμηκύνθηκε με ένα είδος ψευδο-νάρθηκα, για να φτάσει στη γραμμή της πρόσοψης του κλίτους της Υπαπαντής.
Στο εσωτερικό του βρίσκονται πολύτιμα αφιερώματα των κατοίκων του Χάνδακα και όλης της Κρήτης. Ανάμεσα τους ξεχωρίζουν τα δύο επίχρυσα τέμπλα των κλιτών, δείγματα σπάνιας εκκλησιαστικής ξυλογλυπτικής. Τα τέμπλα και τους τοίχους του ναού κοσμούν φορητές εικόνες που προήλθαν από το εργαστήριο ζωγραφικής των αδελφών Καστροφυλάκων και άλλων αξιόλογων ζωγράφων (Γ. Κυδωνιαίος, Πολυχρόνης, Τ. Προσκυνητής) της τελευταίας περιόδου της μεταβυζαντινής Ζωγραφικής στην Κρήτη.
Ο ναός εορτάζει πανηγυρικά τη μνήμη του αγίου Μηνά στις 11 Νοεμβρίου, την Υπαπαντή του Χριστού στις 2 Φεβρουαρίου και το θαύμα του 1826 την Τρίτη της Διακαινισίμου.
Οι πληροφορίες αντλήθηκαν από φυλλάδιο που διανέμεται στον ναό.
